La Esmeralda colombiana, normalmente tiende a ser muy incluida más que cualquier otro tipo de piedra preciosa de color. La mayoría de las esmeraldas tienen numerosas inclusiones internas de minerales para-genéticos (cuarzo, calcita, dolomita, halita, pirita y lutita), fracturas internas y también pequeñas fisuras, roturas o grietas superficiales.